Introducción: La histoplasmosis, infección causada por el hongo Histoplasma capsulatum, está considerada una de las principales micosis endémicas del continente americano. En Cuba, se presenta en forma de brotes epidémicos relacionados con la realización de actividades en lugares que han servido de refugio a murciélagos. Objetivo: Realizar  la caracterización genotípica de 19 aislamientos y dos muestras de ADN de referencia de H. capsulatum mediante los métodos de microsatélite M13 y uno específico de especie desarrollado por el colectivo (MLVA-Hc). Resultados: Se determinó el índice de discriminación, el rango de agrupamiento para ambos métodos y su comparación con cepas de referencia de Panamá y Estados Unidos de Norteamérica. Además se compararon los patrones genéticos obtenidos por M13-PCR y MLVA-Hc con programas bioinformáticos de avanzada. Se encontraron en M13-PCR 18 patrones genéticamente diferentes y 2 agrupaciones con patrones idénticos (discriminación: 0,9809 y agrupamiento: 14,28%), y para MLVA-Hc se obtuvo 21 linajes diferentes y una sola agrupación idéntica, para contar con un índice de discriminación de 0,9881 y un rango de agrupamiento de 8,69%. Se demostró la utilidad de ambos métodos para la caracterización de H. capsulatum, obteniéndose mayor resolución con el método MLVAHc. Conclusiones: Los aislamientos  cubanos comparten características genotípicas con las cepas de referencia de Norteamérica y Panamá, al igual que con las provenientes de México, Guatemala y Venezuela. Los resultados de esta investigación son importantes para la implementación de un método de caracterización molecular del agente causal de la histoplasmosis con vistas a realizar estudios de epidemiología molecular y filogenia.